Решения Ученого совета вступают в силу после подписания их ректором - председателем Ученого совета. Дата проведения очередного заседания Ученого совета назначается Председателем Ученого совета и доводится до подразделений АГУ не позже чем за две недели до заседания. Внеочередные заседания Ученого совета могут проводиться по инициативе Председателя Ученого совета или не менее одной трети членов Ученого совета.
Предложения по формированию плана работы Ученого совета подаются членами Ученого совета Ученому секретарю Ученого совета. Комиссии Ученого совета рассматривают поступившие предложения и подают предложения в проект плана Ученому секретарю. Подготовка документов по рассматриваемому на Ученом совете вопросу проводится исполнителями на основании распоряжения Председателя совета, подготовленного Ученым секретарем.
Заседания Ученого совета АГУ являются открытыми и ведутся гласно. Материалы заседания Ученого совета оформляются протоколами, подписываемыми Председателем и Ученым секретарем. Преподаватели, сотрудники и студенты университета имеют право знакомиться с материалами Ученого совета только в части, их касающейся.
Текущий контроль за выполнением решений осуществляет Ученый секретарь совета, который два раза в год дает информацию о выполнении решений Ученого совета.