Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт водных и экологических проблем Сибирского отделения РАН организован как Институт водных и экологических проблем Сибирского отделения Академии наук СССР.
Целью и предметом деятельности Института является выполнение фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований в области водных и биологических ресурсов, направленных на получение и применение новых знаний для охраны окружающей среды и рационального природопользования. Основные научные направления фундаментальных исследований Института: водные ресурсы Сибири: формирование, мониторинг и использование (на основе бассейнового подхода); разработка научных основ охраны окружающей среды и рационального природопользования с учетом антропогенных факторов и изменений климата.
На базе института работает несколько базовых кафедр, обеспечивающих научное сотрудничество и возможность прохождения практики студентами в рамках учебного процесса: «Фундаментальной и прикладной экологии»; «Информационных технологий и физических методов в экологических исследованиях»; «Рационального природопользования». Многие сотрудники институт яляются выпускниками АлтГУ и преподавателями разных факльтетов университета.