Уже год в АлтГУ работает Лаборатория междисциплинарного исследования археологии Западной Сибири и Алтая, созданная в рамках постановления Правительства РФ «О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования, научные учреждения государственных академий наук и государственные научные центры Российской Федерации» и в рамках реализации мегагранта Правительства РФ «Древнейшее заселение Сибири: формирование и динамика культур на территории Северной Азии». Руководителем лаборатории является академик РАН Анатолий Пантелеевич Деревянко.
Деятельность Лаборатории, нацеленной на развитие на территории Алтайского края одного из ведущих российских научно-исследовательских центров в области изучения древнейшей, древней и средневековой истории, характеризуются как значительным географическим, так и хронологическим охватом. Сотрудники Лаборатории пр
оводят раскопки на территории юга Западной Сибири, северной и западной Монголии, а также республики Киргизия, где исследуются археологические памятники от эпохи древнекаменного века и до средневековья.
Наиболее древние памятники, относящиеся к эпохе каменного века, изучаются на территории Алтая и северной Монголии. В полевом сезоне 2015 года были продолжены археологические исследования пещеры Страшная (руководитель работ д.и.н. Андрей Иннокентьевич Кривошапкин), расположенной в Краснощековском районе Алтайского края. В ходе работ был накоплен обширный археологический и фаунистический материал, показавший, что пещера Страшная активно использовалась древним человеком в качестве временного убежища начиная от эпохи среднего палеолита и вплоть до этнографического времени. В процессе раскопок было сделано несколько уникальных антропологических находок. В настоящий момент перечисленные находки проходят подготовку к антропологическому и генетическому анализам. Наибольший интерес на настоящем этапе исследований представляет находка из слоя 31А горизонт 2, которая по предварительным оценкам может принадлежать человеку современного физического облика. Определение видовой принадлежности антропологических находок, а также их прямое датирование позволит пролить свет на особенности взаимодействия различных видов древних гоминид на Алтае в плейстоцене.
На ключевом археологическом объекте Горного Алтая – Денисовой пещере (руководитель работ д.и.н. Михаил Васильевич Шуньков), расположенной в Солонешенском районе Алтайского края, были продолжены раскопки переходного от среднего к верхнему палеолиту слоя. В ходе раскопок 
были значительно расширены археологические и палеонтологические коллекции данных стратиграфических подразделений. Наиболее ценной находкой является зуб древнего человека, обнаруженный при разборе финальносреднепалеолитического слоя 12. В настоящий момент находка проходит подготовку к антропологическому и генетическому анализам. Видовое определение данного антропологического образца важно в контексте определения физического облика древнейшего населения Алтая.
При работах на пещере Чагырской (руководитель работ д.и.н. Сергей Васильевич Маркин), расположенной в Краснощековском районе Алтайского края, в текущем полевом сезоне основные усилия исследователей были сосредоточены на разборе отложений предвходовой площадки памятника. В ходе работ были получены богатые комплексы археологического и палеонтологического материала.
В Хабарском районе Алтайского края изучался памятник конца каменного 
века и начала эпохи бронзы Новольинка 3 (руководитель к.и.н. Кирилл Юрьевич Кирюшин). Получен важный материал по хозяйственной деятельности древнего населения. Разновременный погребальный комплекс раскапывался в Заринском районе (руководитель д.и.н. Сергей Петрович Грушин), изучены древние могилы неолита и эпохи бронзы.
Одной из важнейших задач современного археологического исследования является поиск и обнаружение археологических памятников, не имеющих рельефных признаков. В отличие от курганов, возвышающихся на местности за счет земляной или каменной насыпи, или западин от котлованов древних жилищ, грунтовые могильники чаще всего обнаруживаются случайно, в процессе современной хозяйственной деятельности человека.
В рамках этого направлении было предпринято междисциплинарное изучение памятника Венгерово-2а (Новосибирская область) (руководитель работ академик Вячеслав Иванович Молодин), направленное на поиск погребальных комплексов эпохи неолита. В результате тщательной геомагнитной съемки, дополненной данными электромагнитного сканирования, было обнаружено несколько перспективных аномалий, не совпадающих с современными антропогенными нарушениями ландшафта.
Археологические исследования данных участков блестяще подтвердили наличие здесь уникального грунтового могильника, где и было изучено несколько захоронений эпохи неолита. На территории Хабарского района Алтайского края проводились исследования поселения Бурла 3 (руководитель работ к.и.н Дмитрий Валентинович Папин). Совместное геофизическое и археологическое изучение показало наличие здесь долговременного поселка, существовавшего в эпоху поздней бронзы. Результаты раскопки указали на то, что его жители были тесно связаны с традициями земледельческих культур Средней Азии.
На территории республики Алтай исследовался комплекс Чобурак-1 (руководитель к.и.н Николай Николаевич Серегин). Раскопаны объекты раннего железного века и средневековья.
В Монголии изучались археологические памятники древности и средневековья (руководитель д.и.н. Алексей Алексеевич Тишкин), в том числе тюркский поминальный комплекс раннего средневековья, наскальные рисунки различных хронологических периодов.
Важное место в деятельности Лаборатории занимают работы по обследованию объектов культурного наследия, попадающих в зону хозяйственного освоения. В июне-июле 2015 г. сотрудники Лаборатории совместно с управлением Алтайского края по культуре и архивному делу и Научно-производственным центром по сохранению историко-культурного наследия по Алтайскому краю (НПЦ «Наследие») проводили аварийные археологические раскопки нескольких объектов Фирсовского археологического микрорайона (Санниковский сельсовет Первомайского района Алтайского края). Работы велись на разрушенных в ходе строительных работ участках памятников: «Фирсово 1, грунтовый могильник» и «Фирсово 3, поселение». В ходе проведенных исследований были получены важные научные результаты. На памятнике «Фирсово-1, грунтовый могильник» была исследована культовая площадка эпохи поздней бронзы, связанная с погребально-поминальной обрядностью.
Новые результаты получены и в ходе исследования памятника «Фирсово-3». Кроме материалов, происходящих из культурного слоя поселения, на его площади было обнаружено захоронение женщины, относящееся к скифскому времени.
