Наиболее востребованными научными направлениями университета на рынке исследований являются:
- сельское хозяйство и биологические науки;
- физика и астрономия;
- биохимия, генетика и молекулярная биология;
- науки об окружающей среде (экология);
- химия;
- материаловедение;
- математика;
- социальные науки;
- информатика.
С учетом накопленного потенциала исследований и разработок университет выступает в качестве центра генерации знаний и трансфера научных разработок на основе прорывных научных исследований в следующих областях:
- агробиотехнология;
- биологическая медицина и химико-фармацевтические технологии;
- анализ и прогнозирование этнокультурных, социально-экономических, гуманитарных и геополитических процессов в трансграничном пространстве России и Центральной Азии;
- курортно-рекреационное и туристское развитие Алтая;
- геоэкологический мониторинг и рациональное природопользование;
- изучение и сохранение биологического разнообразия;
- развитие информационных технологий