Юрий Федорович Кирюшин начал работать в Алтайском государственном университете в 1977 г. старшим преподавателем. В апреле 1997 г. коллективом преподавателей и сотрудников университета Ю.Ф. Кирюшин избран ректором Алтайского государственного университета. В 2002 г. он вторично избран на эту ответственную должность. За годы руководства АлтГУ Юрию Федоровичу удалось стабилизировать обстановку в университете, а также не только сохранить, но и увеличить профессорско-преподавательский состав, решить сложные финансовые вопросы, наладить своевременную выплату заработной платы в полном объеме, сдать новый учебный корпус, открыть филиалы в г. Славгороде, г. Бийске, г. Камне-на-Оби, г. Белокурихе, районном центре Михайловское, увеличить набор на дневное и заочное отделения, лицензировать и открыть новые направления и специальности.
В 2011-2016 гг. Ю.Ф. Кирюшин занимал пост президента Алтайского госуниверситета.
Ю.Ф. Кирюшин – крупный организатор науки и образования в регионе. В 1997 г. совместным решением Президиума СО РАН, Министерством образования и науки Российской Федерации и администрации Алтайского края Юрий Федорович был утвержден председателем Совета учредителей Алтайского научно-образовательного комплекса (АНОК). За годы решены важные для научных организаций Алтая вопросы правового, организационного и финансового характера. Расширена сфера деятельности АНОК, сформирован ряд целевых региональных научно-технических программ, в том числе, первая в Западной Сибири межрегиональная программа «Алтай-Кузбасс».
Ю.Ф. Кирюшин является одним из ведущих ученых по проблемам древней истории Сибири. В области его научных интересов входили эпохи неолита, энеолита, бронзовый и ранний железный век. Им исследованы и обобщены материалы по ряду крупнейших археологических комплексов Западной Сибири, решены вопросы хронологии и культурной принадлежности большого числа разновременных археологических памятников, реконструированы хозяйственно-культурные типы древних жителей западносибирского региона. Ю.Ф. Кирюшин автор и соавтор более пятисот научных работ, в том числе 26 монографий.
Ю.Ф. Кирюшиным в АлтГУ создано новое направление научных исследований. Алтайскую школу археологии хорошо знают у нас в стране и за рубежом. В 1978 г. Юрий Федорович возглавлял созданную на историческом факультете научно-исследовательскую Лабораторию археологии, этнографии и истории Алтая, которая позднее в 1991 г. послужила основой для открытия Научно-исследовательского института гуманитарных исследований при Алтайском госуниверситете, где он являлся научным руководителем. Кроме этого, Ю.Ф. Кирюшин является заведующим лабораторией археологии и этнографии Южной Сибири, созданной Институтом археологии и этнографии Сибирского отделения РАН совместно с АлтГУ.
Большую роль Ю.Ф. Кирюшин сыграл в подготовке научных кадров. Многие его ученики работают в академических и образовательных учреждениях Сибири. Под его руководством защищены 31 кандидатская и восемь докторских диссертаций.
Юрий Федорович активно занимался общественной работой. В 2001 г. он был избран заместителем председателя Совета ректоров Алтайского края и Республики Алтай. В 2002 г. избран председателем Алтайского отделения «Сибирского Народного Собора», а в ноябре 2004 г. – сопредседателем «Сибирского Народного Собора». Под его руководством 26–28 мая 2005 г. успешно проведен VI съезд Сибирского Народного Собора в г. Белокуриха. Ю.Ф. Кирюшин являлся членом координационного совета Межрегиональной ассоциации «Сибирское соглашение» по проблемам высшей школы и членом Научно-методического совета архивных учреждений Сибирского федерального округа.
В 2004 и 2005 гг. Независимым общественным советом конкурса «Золотая медаль «Европейское качество», возглавляемым председателем комитета Совета Федерации РФ В.Е. Шудеговым, Алтайский государственный университет включен в 100 лучших вузов России и награжден «Золотой медалью Европейское качество», а Ю.Ф. Кирюшин – медалью «Ректор года». В 2007 г. Президиум Российской Академии естественных наук наградил Юрия Федоровича почетным знаком Академии «За заслуги в развитии науки и экономики России».
Юрием Федоровичем был создан работоспособный коллектив, который получил признание на высоком научном уровне. Показателем этого была реализация гранта правительства Российской Федерации (постановление №220), полученного ФГБОУ ВО «Алтайский государственный университет» договор №14.Z50.31.0010, проект «Древнейшее заселение Сибири: формирование и динамика культур на территории Северной Азии».
Важнейшее место в его работах занимает Алтай, непосредственно под его руководством были организованы исследования Денисовой, Страшной, Чагырской, имени Окладникова пещер, расположенных на территории Солонешенского и Краснощековского районов Алтайского края.
Полученные результаты позволили по-новому оценить роль алтайских материалов в формирование древнего человека. В составе международного научного коллектива на основе палеогенетических исследований открыл ранее не известного науке ископаемого человека, который получил название человек алтайский или денисовец. Это открытие вошло в тройку наиболее значимых научных достижений мира в 2011 и 2012 гг.
Ректорат, ученый совет, коллектив преподавателей и студентов Алтайского государственного университета поздравляют Юрия Федоровича с высокой наградой и желают долгих лет жизни, здоровья и благополучия!