Высшим руководящим органом первичной профсоюзной организации АлтГУ является конференция.
Первичная профсоюзная организация – профсоюзная группа.
Профсоюзная группа формируется на кафедрах, в отделах, службах при наличии не менее 3 членов профсоюза.
Контрольно-ревизионным органом первичной профсоюзной организации является ревизионная комиссия. Она является самостоятельным органом. Ревизионная комиссия подотчетна первичной профсоюзной организации АлтГУ. Она проводит контроль за правильностью расходования средств профсоюзного бюджета. Член ревизионной комиссии не может одновременно являться членом профсоюзного комитета. Ревизионная комиссия избирает из своего состава председателя и заместителя (заместителей).