Лаборатория противовирусных соединений (совместно с Drug Innovation Ventures at Emory, LLC, Атланта, США).
5.2. Научно-образовательный комплекс «Рациональное природопользование и геоэкологический мониторинг для устойчивого развития природно-хозяйственных систем»
Лаборатория мониторинга геосферно-биосферных процессов (совместно с Институтом мониторинга климатических и экологических систем СО РАН);
Лаборатория физических проблем мониторинга агросистем (совместно с Институтом физики им. Л.В. Киренского СО РАН);
Лаборатория космического мониторинга и вычислительных технологий (совместно с Институтом вычислительных технологий СО РАН);
Лаборатория комплексных исследований природных и социально-экономических систем в области адаптации к глобальным изменениям окружающей среды (совместно с Московским государственным университетом имени М.В. Ломоносова и Институтом водных и экологических проблем СО РАН).
5.3. Лаборатория математического моделирования в механике неоднородных сред (совместно с Институтом гидродинамики им. М.А. Лаврентьева СО РАН).
5.4. Лаборатория сверхкритических флюидных технологий (совместно с Институтом катализа им. Г.К. Борескова СО РАН).
5.5. Научно-исследовательская лаборатория комплексных химических, физических и биотехнологических исследований (совместно с Институтом проблем химико-энергетических технологий СО РАН).
5.6. Лаборатория контроля качества материалов и конструкций (совместно с Институтом физики прочности и материаловедения СО РАН).
5.7. Лаборатория междисциплинарного изучения археологии Западной Сибири и Алтая (совместно с СО РАН).
5.8. Барнаульская лаборатория археологии и этнографии Южной Сибири (совместно с Институтом археологии и этнографии СО РАН).
5.9. Центр социально-экономических исследований и региональной политики (совместно с Институтом экономики и организации промышленного производства СО РАН);
5.10. Научно-образовательный центр филологических исследований коммуникации (совместно с Институтом филологии СО РАН).