Лаборатория физических проблем мониторинга агросистем на базе АлтГУ совместно с Институтом физики им. Л.В. Киренского КНЦ СО РАН, г. Красноярск. Научный руководитель – В.Л. Миронов, чл.-корр. РАН, д.ф.-м.н. Заведующий – В.В. Щербинин, к.ф.-м.н. (АлтГУ).
Лаборатория космического мониторинга и вычислительных технологий на базе АлтГУ совместно с Институтом вычислительных технологий СО РАН, г. Новосибирск. Научный руководитель – Ю.И. Шокин, академик РАН. Зав. лабораторий – А.А. Лагутин, д.ф.-м.н. профессор (АлтГУ).
Лаборатория «Математическое моделирование в механике неоднородных сред» на базе АлтГУ совместно с Институтом гидродинамики им. М.А. Лаврентьева СО РАН, г. Новосибирск. Научный руководитель – В.В. Пухначев, член-корр. РАН. Заведующий лабораторией – А.А. Папин, д.ф.-м.н., профессор (АлтГУ).
Лаборатория сверхкритических флюидных технологий на базе АлтГУ совместно с Институтом катализа им. Г.К. Борескова СО РАН, Новосибирск. Научный руководитель – В.Н. Пармон, академик РАН. Заведующий лабораторий – Н.Г. Базарнова, д.х.н., профессор (АлтГУ).
Научно-исследовательская лаборатория комплексных химических, физических и биотехнологических исследований (совместно с Институтом проблем химико-энергетических технологий СО РАН).
Лаборатория контроля качества материалов и конструкций на базе АлтГУ совместно с Институтом физики прочности и материаловедения СО РАН, г. Томск. Научный руководитель – С.Г. Псахье, д.ф.-м.н., чл.-корр. РАН. Заведующий лабораторий – В.В. Поляков, д.ф.-м.н., профессор (АлтГУ).
Лаборатория междисциплинарного изучения археологии Западной Сибири и Алтая на базе АлтГУ совместно с Институтом археологии и этнографии СО РАН. Заведующий лабораторией – А.П. Деревянко, академик РАН.
Научно-образовательный центр филологических исследований коммуникации на базе АлтГУ как форма сотрудничества АлтГУ и Института филологии СО РАН (Новосибирск). Научный руководитель – д. филол. н., проф. А.А. Чувакин (АлтГУ).