В течение прошедших лет университет смог значительно укрепить свой лабораторно-исследовательский комплекс. Многие приобретенные университетом образцы высокотехнологичного оборудования не имеют аналогов в научных и образовательных учреждениях Алтайского края.
В 2014 году состоялось открытие Межфакультетского инновационного научно-образовательного комплекса «Первая ступень», в который входили пять учебно-исследовательских лабораторий. Лаборатории оснащены высокотехнологичным оборудованием и реализуют инновационные программы бакалавриата и магистратуры. Сейчас действуют такие лаборатории, как:
В ноябре 2017 г. В АлтГУ состоялось открытие первого в Алтайском крае студенческого производственно-технологического центра «ФабЛаб» (Fabrication Laboratory). Центр был организован совместно физико-техническим, химическим факультетами и центром молодежного инновационного творчества «Эврика» АлтГУ. В центре «ФабЛаб» установлено несколько видов металлообрабатывающих и деревообрабатывающих станков, 3D-принтеры, сканеры и другое оборудование.
Все указанные лаборатории ориентированы на подготовку высококвалифицированных кадров для нужд приоритетных отраслей экономики и социальной сферы региона, в частности в области биотехнологии, биомедицины, математического моделирования и информационной безопасности, агроэкологии и глубокой переработки растительного сырья, геоэкологического мониторинга и техносферной безопасности.