В течение прошедших лет университет смог значительно укрепить свой лабораторно-исследовательский комплекс. Многие приобретенные университетом образцы высокотехнологичного оборудования не имеют аналогов в научных и образовательных учреждениях Алтайского края.
В 2014 году состоялось открытие Межфакультетского инновационного научно-образовательного комплекса «Первая ступень», в который входят пять учебно-исследовательских лабораторий и Межфакультетское студенческое конструкторско-технологическое бюро «УМНИК». Лаборатории оснащены высокотехнологичным оборудованием и реализуют инновационные программы бакалавриата и магистратуры:
В 2015 г. открыты исследовательская лаборатория клинической физиологии, лаборатория промышленной микробиологии и учебно-исследовательский Центр радиофизики, физики космоса и космических технологий.
В рамках Молодежного научного форума «Дни молодежной науки» в 2015 г. торжественно открылись Научно-образовательный центр геоинформационных технологий, лаборатория математического моделирования и специализированная аудитория для реализации магистерской программы «Инновационные технологии социальной защиты населения».
В июне 2016 г. в Алтайском государственном университете открыта сеть центров молодежного инновационного творчества в Алтайском крае. АлтГУ представил на мероприятии ЦМИТ «Эврика» (руководитель - доцент биологического факультета АлтГУ Ирина Николаевна Томилова).
В ноябре 2017 г. В АлтГУ состоялось открытие первого в Алтайском крае студенческого производственно-технологического центра «ФабЛаб» (Fabrication Laboratory). Центр был организован совместно физико-техническим, химическим факультетами и центром молодежного инновационного творчества «Эврика» АлтГУ. В центре «ФабЛаб» установлено несколько видов металлообрабатывающих и деревообрабатывающих станков, 3D-принтеры, сканеры и другое оборудование.
Все указанные лаборатории ориентированы на подготовку высококвалифицированных кадров для нужд приоритетных отраслей экономики и социальной сферы региона, в частности в области биотехнологии, биомедицины, математического моделирования и информационной безопасности, агроэкологии и глубокой переработки растительного сырья, геоэкологического мониторинга и техносферной безопасности.