Такая высокая независимая оценка качества организационной работы Университета является следствием активной деятельности по разработке, внедрению и подготовке к сертификации внутривузовской системы менеджмента качества (СМК). Независимый сертификационный аудит системы менеджмента качества АлтГУ и его филиала в г. Рубцовске, прошедший в 2011 году, на соответствие требованиям международного стандарта ISO 9001:2008 подтвердил успешное развитие организационно-управленческих процессов университета и их соответствие международному уровню и требованиям Европейской Ассоциации по обеспечению качества в высшем образовании (European Network for Quality Assurance in Higher Education).
Международная сертификация СМК открывает перед Университетом новые перспективы для укрепления позитивного имиджа в образовательном сообществе классических университетов и на рынке образовательных услуг, для углубления и диверсификации межрегиональных и международных научно-образовательных связей.
Создание и развитие эффективной системы управления университетом, способствующей дальнейшему повышению качества образования, научно-исследовательской и инновационной деятельности и направленной на внедрение современных технологий стратегического и проектного менеджмента, остается одной из приоритетных задач развития АлтГУ.