В 1997 году Алтайский госуниверситет возглавил ректор Юрий Федорович Кирюшин.
В 2003 году в вузе 15 факультетов и 1 отделение, 81 кафедра, 56 специальностей и направлений, 6 филиалов на территории Алтайского края.
Открыты факультеты: социологии (1990 г.), политических наук (1990 г.), искусств (1993 г.), педобразования (2001 г.), открытого образования (2003 г.), психологии и философии (2004 г.).
В вузе работают:
Более 700 ППС обучают 16 000 студентов.
26 декабря 2000 года состоялось торжественное открытие нового 9-этажного административно-учебного корпуса на перекрестке проспекта Ленина и улицы Молодежной.