Структурная композиция музея представлена 16 разделами.
Раздел I. Кадровый потенциал университета.
Стенды:
Раздел II. Материальная база университета.
Раздел III. Подготовка специалистов с высшим образованием.
Раздел IV. Научно-исследовательская работа.
Стенды:
Раздел V. Научная библиотека.
Раздел VI. Издательство.
Раздел VII. Ботанический сад.
Раздел VIII. Гербарий, музеи.
Раздел IX. Интернет-центр, ЦИСТ и другие подразделения, обеспечивающие учебно-научный процесс.
Раздел X. Международные связи.
Раздел XI. Общественная жизнь (общественные организации, культурно-массовая работа, студенческие строительные отряды, картинная галерея и др.).
Раздел XII. Физкультура и спорт.
Раздел XIII. Факультеты и общеуниверситетские кафедры.
Раздел XIV. Хроника жизни университета.
Раздел XV. Выпускники АлтГУ.
Раздел XVI. Взгляд на университет со стороны (отзывы об университете и публикации о нем).